지루할 정도로 반복해서 지적되는 ‘바른 생각’의 중요성은 그의 신학에 있어 간과할 수 없는 강조점이다. 왜냐하면 신자의 마음의 모든 미끄러짐은 바로 생각의 이탈에서 비롯되기 때문이다. 그러므로 생각 지킴은 곧 신자가 생각하여야 할 바를 생각하고 그리하지 말아야할 바를 의지적으로 떨쳐 버리는 것을 의미하는데, 존 오웬은 이것이 마음 지킴보다 앞서야 할 경건의 실천이라고 보았다. 잠시 마음의 자유를 위해 생각을 죄에 개방하는 신자는 자유보다 더 큰 구속을 맛보아야 하기 때문이다. 그러므로 신자는 더 큰 영혼의 자유를 위하여 끊임없이 자신의 생각을 거룩하신 하나님의 성품에 집중하고 복음의 진리들을 묵상하는 가운데 죄의 속임으로부터 매순간 자신을 지켜야 한다. 이것이 바로 자신을 구원해 주신 하나님과의 언약 관계에 충실해야 할 신자의 의무이다.