존 오웬은 결코 아우구스티누스의 모든 신학적 입장에 동의하지 않았으며 아퀴나스에 대해서는 더욱 그러하였다. 그러나 존 오웬은 이들을 당대의 신학자들처럼 대하며 사용하지 않았고 오히려 중세와 종교개혁의 신학이 발전해 올 수 있도록 지적인 자양분을 신학적으로 철학적으로 제공해 주는 원천으로 여기며 활용하였다.